按照申请→受理→初审→审核→审批的流程办理。
关于是否需要业务主管单位审查同意，请参见第五部分服务依据第4部分。
受理申请的条件：①完成章程规定的宗旨的；②无法按照章程规定的宗旨继续开展活动的；③发生分立、合并的；④自行解散的；⑤由于其他原因终止的；⑥完成清算。
民办非企业单位清算应按照以下流程进行：①按照章程规定履行终止民办非企业单位的内部程序；②在有关机关指导下成立清算组织。清算组织的成员应由社会审计机构的审计人员、民办非企业单位的负责人及财务人员等构成；③清算组织行使职权进行清算，包括清理民办非企业单位财产，编制资产负债表和财产清单，清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款，处理与清算有关的未了结业务，公告债权债务，清理债权债务等。清算期间不得开展清算以外的活动；④按照国家有关规定和民办非企业单位章程确定的原则处理清偿债务后的剩余财产；⑤清算组织制作清算报告书；⑥清算活动结束后15日内，依法向登记管理机关申请办理注销登记。
需要提交的材料：①注销登记申请书。包括注销理由及按照章程规定履行内部程序等情况；②董（理）事会关于注销登记事项的决议。包括对变更事项的决议情况并附与会人员名单；③清算报告书；④清算审计报告；⑤关于债权债务的说明；⑥银行账户注销凭证；⑦《民办非企业单位注销登记表》；⑧其他必要的资料。以上材料均一式两份。
办理流程：①受理。对申请人提交的材料进行审查，出具《受理通知书》、《不予受理通知书》或《一次性补正材料通知书》；②承办人初审；③部门负责人审核；④机关负责人审批；⑤准予注销登记的，颁发注销证明文件，收缴《民办非企业单位（法人、合伙或个体）登记证书》（正、副本）及民办非企业单位印章；不予注销登记的，向申请人说明理由。
